電子カルテの補助金【2026年度】クリニック・病院が使える制度と1床あたりの上限額

結論：2026年10月時点で電子カルテに使える補助金

電子カルテの導入・更新に使える補助金は、大きく「全国で使える国の制度」と「都道府県の独自制度」に分かれます。2026年10月1日時点で押さえておきたいものは次のとおりです。

制度	対象	補助率・上限	受付状況（2026年10月1日時点）
デジタル化・AI導入補助金2026（旧IT導入補助金）通常枠	診療所・中小規模の医療法人など	1/2以内（条件により2/3）、最大450万円	6次締切 2026年10月30日（金）17:00
東京都診療所診療情報デジタル推進事業	都内の医科診療所	3/4、5床未満は基準額300万円	受付中（2027年8月31日まで）
東京都医療機関診療情報デジタル導入支援事業	都内の病院・診療所（導入コンサル費用）	3/4（200床以上は1/2）、基準額100万円	2026年10月30日まで
東京都病院診療情報デジタル推進事業	都内の病院	3/4（200床以上は1/2）、605,000円×病床数	令和8年度分は2026年7月31日で終了
電子カルテ情報共有サービス導入の補助（国）	オンライン資格確認・電子処方箋を導入済みの病院	1/2、最大657.9万円	申請期限 2031年9月30日

全国どこでも使いやすいのはデジタル化・AI導入補助金です。東京都の医療機関は、都の制度と組み合わせて検討する価値があります。以下、制度ごとに要件と注意点を整理します。

デジタル化・AI導入補助金2026（旧IT導入補助金）

2026年から「IT導入補助金」は「デジタル化・AI導入補助金」に名称が変わりました。クリニックで電子カルテやレセコンを入れる場合に、全国共通で最初に検討する制度です。

医療機関も対象になるか

対象になります。医療法人は常時使用する従業員が300人以下であれば対象で、個人開業医は個人事業として申請できます。

通常枠の補助率と補助額

項目	内容
補助率	1/2以内（最低賃金近傍の従業員が一定割合以上などの条件で2/3以内）
補助額	1プロセス以上：5万円以上150万円未満／4プロセス以上：150万円以上450万円以下
対象経費	ソフトウェア購入費、クラウド利用料（最大2年分）、導入設定・マニュアル作成・研修・保守などの役務

申請前に知っておきたい3つの条件

登録されたITツールしか対象にならない：IT導入支援事業者（ベンダー）が事務局に登録した製品だけが補助対象です。検討中の電子カルテが登録済みかは、ベンダーに確認するか公式サイトのITツール検索で調べます。
ベンダーと共同で申請する：申請はIT導入支援事業者と一緒に進める仕組みです。対応していないベンダーの製品では申請できません。
交付決定前に契約・発注しない：交付決定より前に契約・発注・支払いをした経費は対象外です。導入を急ぐ場合ほど注意が必要です。

なお、パソコンやタブレットなどのハードウェアは通常枠の対象経費に含まれていません。ハードも含めたい場合は、枠ごとの対象経費を公募要領で確認してください。

スケジュール

6次締切は2026年10月30日（金）17:00、交付決定は2026年12月10日の予定です。7次締切の日程は公式サイトで発表を確認してください。申請にはGビズIDプライムが必要で、発行に時間がかかることがあるため、早めに取得しておきましょう（「GビズIDの取得方法」）。

東京都の電子カルテ補助金（令和8年度）

東京都は電子カルテの導入を段階ごとに支援する制度を複数用意しています。いずれも jGrants（補助金の電子申請システム）で公募されています。

診療所診療情報デジタル推進事業（医科診療所向け）

都内の医科診療所が電子カルテを導入する費用を補助します。

区分	補助基準額	補助率	補助上限の目安
5床未満の医科診療所	300万円	3/4	225万円
5床以上の医科診療所	60.5万円×病床数	3/4	例：19床なら約862万円

実際の補助額は「基準額」と「対象経費の実支出額」の低い方を選び、総事業費から寄附等を除いた額と比べて低い方に補助率をかけて計算します。受付期限は2027年8月31日です。詳細は補助金ページを参照してください。

病院診療情報デジタル推進事業（病院向け・1床あたりの基準額）

都内の病院が電子カルテを導入・更新する費用を補助します。補助基準額は605,000円×病床数で、補助率は200床未満の病院が3/4、200床以上の病院が1/2です。

病床数	基準額	補助率	補助上限の目安
50床	3,025万円	3/4	約2,269万円
100床	6,050万円	3/4	約4,538万円
300床	1億8,150万円	1/2	約9,075万円

導入に伴う事務作業の支援（基準額360万円×配置月数/12、補助率3/4）を補助する区分もあります。令和8年度分はいずれも2026年7月31日で受付を終了しており、次年度の公募を待つことになります（過去の公募内容）。

医療機関診療情報デジタル導入支援事業（導入コンサル費用）

電子カルテを新たに導入するためのコンサルタント活用などの費用を補助します。補助基準額は100万円で、補助率は200床未満の医療機関が3/4、200床以上の病院が1/2です。受付は2026年10月30日までです（補助金ページ）。

そのほかの関連制度

東京都医療DX人材育成支援事業：職員のIT・DX関連の資格取得費用などを補助（上限50万円、10/10）。受付は2026年11月30日まで。
医療機関診療情報サイバーセキュリティ対策支援事業：病院・診療所のセキュリティ対策費を補助（補助率1/2、無床診療所の基準額375万円など）。令和8年度分は2026年9月11日で終了。

国の制度：電子カルテ情報共有サービスの導入補助

国は、医療機関同士で診療情報（紹介状・退院時サマリー・健診結果、傷病名・アレルギー・処方などの情報）を共有する「電子カルテ情報共有サービス」の普及を進めています。

対象はオンライン資格確認と電子処方箋を導入済みの病院で、既存の電子カルテを共有サービスにつなぐための改修費用を補助します。補助率は1/2で、上限は次のとおりです（税込）。

対応範囲	200床以上	199床以下
3文書6情報	657.9万円	545.7万円
2文書6情報	508.1万円	408.5万円

事業完了期限は2031年3月31日、申請期限は2031年9月30日です。申請は社会保険診療報酬支払基金の医療機関等向け総合ポータルサイトから行います。電子カルテの「新規導入」ではなく「既存システムの改修」が対象である点に注意してください。

都道府県の制度を探すときのポイント

東京都以外でも、地域医療介護総合確保基金などを財源に、医療機関のICT化を補助している自治体があります。ただし2026年度は、電子処方箋向けの補助が中心で、診療所の電子カルテ「新規導入」を対象とした制度は多くありません。

探すときは次の順で確認するのが確実です。

都道府県の医療政策担当課（医療政策課・医務課など）のページ
jGrants で「電子カルテ」「診療情報」「医療DX」と検索
地域の医師会からの案内

パブコメ・補助金レーダーの補助金一覧では、jGrants に掲載された補助金を地域・締切で絞り込めます。

電子カルテの導入費用の目安

電子カルテの費用は、クラウド型かオンプレミス型かで大きく変わります。ベンダーの公開情報では、クラウド型は初期費用が無料〜数十万円、月額費用が数万円からとされ、オンプレミス型は200万円以上が一般的とされています。

補助金は「対象経費の一定割合」を後から受け取る仕組みなので、いったん全額を支払う必要があります。デジタル化・AI導入補助金の場合はクラウド利用料も最大2年分が対象になるため、クラウド型でも補助の効果はあります。

導入前に比較しておきたいこと

補助金の対象製品か（デジタル化・AI導入補助金の登録ITツールか）
レセコン・オンライン資格確認・電子処方箋との連携
国が進める標準規格（電子カルテ情報共有サービス・標準型電子カルテ）への対応予定
初期費用と月額費用の総額（5〜7年の総コスト）
サポート体制と、データ移行の可否

複数のベンダーから見積もりを取り、補助金を使う前提で総額を比べると判断しやすくなります。

標準型電子カルテと今後の動き

厚生労働省は、医科診療所向け・中小病院向けの「標準型電子カルテ」の標準仕様書（1.0版）を2026年3月に公表しました。病院については、2030年までのできる限り早い時期に標準化された電子カルテを導入できる環境を整えることを目標にしています。

また、電子処方箋の導入補助は2026年9月導入分までで終了し、今後は電子カルテと共有サービスの普及計画を踏まえて支援策が検討されるとされています。新しい補助制度が出てくる可能性があるため、厚生労働省や自治体の発表を定期的に確認しておくと安心です。

補助金を受けたあとの会計処理

電子カルテ（ソフトウェア）を資産計上する場合、補助金は圧縮記帳の対象になり得ます。一方、クラウド利用料のように費用処理するものは対象になりません。詳しくは「補助金の圧縮記帳｜仕訳例・勘定科目と期をまたぐ場合・個人事業主の扱い」で解説しています。採択後の実績報告は「補助金の実績報告・交付請求チェックリスト」を参考にしてください。

よくある質問

個人開業のクリニックでも補助金は使えますか？

使えます。デジタル化・AI導入補助金は個人事業主も対象です。東京都の診療所向け制度も、都内で医科診療所を開設していれば対象になり得ます。各制度の対象者要件は公募要領で確認してください。

歯科診療所は東京都の電子カルテ補助の対象ですか？

東京都の診療所診療情報デジタル推進事業は「医科診療所」を対象としています。歯科診療所はデジタル化・AI導入補助金を中心に検討してください。

電子カルテの買い替え（更新）にも使えますか？

東京都の病院向け事業は「導入及び更新」を対象としています。デジタル化・AI導入補助金も、登録ITツールであれば入れ替えに使える場合があります。診療所向けの都の制度や国の共有サービス補助は対象範囲が異なるため、要綱で確認してください。

国の補助と都の補助は併用できますか？

同じ経費に複数の補助金を重ねて受けることは、一般に認められていません。経費を分けて別々の制度を使えるかどうかは、各制度の事務局に事前に確認してください。

補助金はいつ受け取れますか？

多くは事業完了後に実績報告を提出し、補助額が確定してから支払われる「後払い」です。導入費用はいったん全額を用意しておく必要があります。

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